本发明公开了一种桑树品种亲缘关系DNA分子评鉴方法,包括以下步骤:(1)桑树品种的系统发育分析;1)取材;2)筛选对比序列;3)桑树基因组DNA提取及纯度、浓度检测;4)PCR扩增;5)PCR检测;6)PCR测序;7)序列拼接、对比,鉴定进化关系;(2)桑树品种亲缘关系分析。本发明先进行系统发育分析,且从世界范围内分布桑种及变种合理取材,再进行桑树品种居群遗传多样性分析,进一步确定亲缘关系,通过两步骤分析方法的使用,显著提高了评鉴亲缘关系的准确性和可重复性,为保护桑树品种资源,进行桑树品种指纹鉴别,分子辅助育种、品种资源开发及利用有重大推动作用。